ESmol & NDKmol - Molecular Viewer for Android

概要

Screenshot of NDKmolESmol と NDKmol は、オープンソースの分子構造ビューアです。 蛋白質や低分子の立体構造を Android 携帯電話やタブレットで表示できます。 本プログラムは、LGPL3 でライセンスされています。

ESmol は Java で、NDKmol は C++ で実装されています。ESmol のほうが幅広い環境で動作します。NDKmol はより高速で、ESmol よりも 大きな分子を読み込めます。たとえば、GroES-EL 複合体を開くこともできます! (PDBID: 1AON をお試しください)

ESmol は WebGL/Javascript ベースの分子構造ビューアである GLmol とほぼ同じ機能を持っています。GLmol は ブラウザ上で動作します

機能

現在、以下の機能があります。他にも多くの機能が開発中です。

動作環境

Android 1.6 以上で動作します。NDKmol も、国内で入手可能なほとんどの 端末で動作するはずです。

使用方法

起動すると自動的にポリン (PDBID: 2POR) を表示します。画面を指で触ることで回転できます(二本指によるピンチズームなどは開発中です)。 分子を拡大縮小したり移動するには、メニューボタンを押してモードを切り替えてください。

表示方法や色の切り替え、多量体やパッキングの表示など、全ての操作はメニューから行います。

他の PDB ファイルを読み込むには、PDBファイルを、SDカード内の "PDB" フォルダに配置し、メニューの "Open" から読み込んでください。RCSB PDB や NCBI PubChem のサーバから直接構造を検索してダウンロードすることもできます。 メニューから "検索してダウンロード" を選択してください。

ダウンロード

プログラムは Android Market からダウンロードできます。Market が利用できないかたは、このサーバからもダウンロードできます。このサーバからインストールする場合は、設定 >>アプリケーション>>提供元不明のアプリ をチェックする必要があります。

ソースコードなどはこちらから

他のアプリケーションとの連携

ESmol と NDKmol は、拡張子 pdb/sdf/mol に対するハンドラを実装しています。 クライアントに ESmol または NKDmol がインストールされていれば、Web ブラウザで これらのファイルへのリンクを選択するだけで、自動的に起動します。 自作のアプリケーションから ESmol や NDKmol を起動したい場合は、次のような Intent で呼び出してください。

ローカルファイルの場合:
startActivity(new Intent(Intent.ACTION_VIEW, Uri.parse("file:///sdcard/test.pdb"))));

ネットワーク上のファイルの場合:
startActivity(new Intent(Intent.ACTION_VIEW, Uri.parse("http://some.server/pdbfile.pdb"))));

更新履歴

20120827: Version 0.90 (NDKmol) - BIOMT ヘッダ(生物学的多量体)の取り扱いを改善, プロリンの側鎖の表示を修正, 「ファイルを開く」ダイアログからファイルを削除できるようにした, 多重結合の表示(「線」)のバグを修正
20120501: Version 0.80 (NDKmol) - ベータシートの平滑化・厚みのあるリボン表示を実装, 対称操作の改善, 虹色に着色するときの色の順序を逆に(PyMOL などと同じ方向に), 主鎖トレースは平滑化しないように, デフォルトの分子をポリン(2POR)に, SDF/MOL 形式の読み込みのバグを修正, "線" 表示のバグを修正
20120123: Version 0.73 - 外部ファイルを開けなくなっていた問題を修正
20120120: Version 0.72 - 着色問題に対応するため、フォグをデフォルトで無効化。設定から有効にできます。
20120118: Version 0.71 - フォグを改善。一部機種で画面が灰色になってしまう問題の解決。まだ治っていなければ連絡ください
20120117: Version 0.7 - フォグを追加, スラブを追加, 視点のリセット機能を追加, ヘッダの表示機能を追加, 生物学的多量体をリボンなどで表示できるように, 「ファイルを開く」ダイアログを機能強化, PDB/PubChem検索ダイアログを改良, メニューを改良
NDKmol も、ESmol 0.7 と同等の機能を実装
20111226: Version 0.6 (ESmol) - .pdb/.mo/.sdf ファイルと関連付け。RCSB PDB および NCBI PubChem から直接検索・ダウンロードできるように。 "二次構造で色付け" が動かない問題を修正。5' 末端がリン酸化されている核酸を表示しようとするとクラッシュする問題を解消。"温度因子で着色"を改善。線のライティングを改善。
20111223: Version 0.5 (NDKmol) - ESmol 0.5 の新機能に追随
20111214: Version 0.5 (ESmol) - New coloring: polar/nonpolar and temperature factor, New representations: B factor tube, strand, nucleic acid ladder(polygons), nucleic acid line, Display of solvents, Supported SDF/MOL files, 日本語化, Improved bond detection; more accurate and faster, Bug fix
20111122: Version 0.4 - 細かい調節。Android Market に登録。
20111120: Version 0.3 - ライティングを改善。HTTPプロキシのサポート。硫黄や水素を含む結合の判定を改良。暫定的に alternative locations を無視するようにした
20111119: Version 0.2 - Honeycomb(Android 3.2) で、"Open" ダイアログがクラッシュする問題を解決(したはず)
20111116: Version 0.1

謝辞

IoriAYANE さんが Apache License で公開されている FileListDialog を使用させていただいています。

連絡先

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